On loomulik, et ka akvaristikas põrkame vahel kokku probleemidega. Üldjuhul on probleemide vältimine lihtsam kui nende kõrvaldamine.
Paljude akvaristide jaoks on hobi leidnud kurva lõpu juba sellega alustamisel, nagu ka kalad soetatud akvaariumis, sest pole pööratud tähelepanu uue akvaariumi juures vajalikule sissetöötamisele.
Suur osa probleemidest on seotud vee kvaliteediga - kalade haigused, vetikaprobleemid, taimede kärbumine saavad tihti alguse justnimelt vee kehvast kvaliteedist. Aga vee kvaliteedi probleemid saavad tihti alguse akvaariumi üleasustusest ja/või ebapiisavatest hooldusrutiinidest. Akvaariumi üleasustuse vältimiseks on hea abivahend http://www.aqadvisor.com/ - see pole küll alati 100% usaldusväärne sel lihtsalt põhjusel, et meil on tegemist paljude erinevate teguritega. Siiski annab see enamikel juhtudel üsna pädeva hinnangu ning lisaks ei hakka teile tegema etteheiteid, kui kalade soetamisega on õnnetul kombel liiale mindud. 
Teine levinud probleem on ebapiisavad veevahetused. On võimalik luua akvaariumi kooslus, mis ei vaja väga pika aja jooksul veevahetusi - siis on aga eelduseks, et akvaariumis on piisavalt elustaimi, tarvitamaks kõik kalade väljaheited ära toitainetena. Kui seda aga pole, on ainus mõistlik lahendus jääkainete akvaariumist väljaviimine veevahetustega. Kas veevahetused on piisava mahuga ja piisavalt sagedased, saab teada nitraatide (NO3) testiga. Tegelikult ka sissetöötamata akvaariumi probleemid on vee kvaliteedi probleemid, aga probleem tekib sissetöötamisel sellest, et kasulike bakterite koloonia pole veel kasvanud piisavalt suureks, et töödelda kalade väljaheidetest tekkiv ammoniaak ümber esmalt nitrititeks ja seejärel nitritid nitraatideks - seepärast läheb ammoniaagi või nitritite tase akvaariumis kalade jaoks eluohtlikult kõrgeks.
Järgmiseks levinud probleemide põhjuseks on vähene või liigne valgus, seda eriti just vetikaprobleemide korral. Valgustuse kohta sai pisut pikemalt kirjutatud siin. Üks levinumaid vigu on see, et lastakse valgustil liiga kaua põleda - akvaariumi puhul on normaalne valgustusperioodi pikkus 8-10 tundi, maksimaalselt 12 tundi. Mis on üle selle, on juba tõukeks vetikate tekkel. Automaatne taimer on odav asi ning aitab sedasorti probleemid ära hoida, käsitsi valgusti lülitamine pole jätkusuutlik. Ka päikesevalguse paistmine otse akvaariumi võib põhjustada probleeme, tüüpilised tagajärjed on "roheline vesi" (vees ujuvate rohevetikate tõttu roheka värvusega kehvasti läbipaistev vesi) ja/või roheline juusvetikas, mis kinnitub taimele justnagu näkineiu juuksepahmakas, välja võttes paistab nagu roheline vatiklomp.